Основным заказчиком строительства объектов транспортной инфраструктуры в России традиционно выступает государство в лице органов исполнительной власти, администраций субъектов РФ, государственных компаний.

Ключевыми заказчиками «Мостоотряда-99» являются:

 Федеральное дорожное агентство (Росавтодор)

 Федеральное агентство воздушного транспорта (Росавиация)

Государственные корпорации:

 ГК «Российские автомобильные дороги»

Региональные власти субъектов РФ:

 Правительство Дагестана

 Правительство Чеченской республики

 Правительство Саратовской области

 Правительство Ростовской области

 Правительство Республики Ингушетия

 Правительство Республики Северная Осетия-Алания

 Правительство Ставропольского края

 Правительство Астраханской области

Муниципальные власти:

 Администрация Махачкалы

 Администрации муниципальных образований Республики Дагестан

 Администрация Саратова

 

Одной из стратегических целей «МО-99» является увеличение доли проектов, реализуемых «Мостоотрядом-99» в качестве генерального подрядчика и основного исполнителя работ. Осуществляя управление проектом в качестве генерального подрядчика, «МО-99» стремится установить прямые контакты с заказчиками. В тех случаях, когда компания участвует в реализации проекта как субподрядчик, контакт осуществляется с генеральным подрядчиком проекта.